3.8.4 测序方向偏好性建模
gtx learn 工具使用 gtx mutect2 输出的F1R2统计结果来学习测序方向偏好性模型的参数，对每个三核苷酸序列上下文估算其单链替换错误的先验概率。这对于FFPE肿瘤样本是非常重要的。
- 输入
一个或多个包含由
gtx mutect2参数-f1r2-tar-gz输出的.tar.gz文件
注解
选项 -i 可以指定多次，用于对同一样本多个分散数据进行建模。
- 输出
包含先验概率表格的tar.gz文件
- 示例命令
gtx learn \
-i f1r2.tar.gz \
-o artifact-prior.tar.gz
- 参数列表
- -h, --help
打印帮助信息并退出
- -i, --input
一个或多个包含
gtx mutect2参数--f1r2-tar-gz输出的.tar.gz文件- -o, --output
包含先验概率表格的tar.gz文件
- --tmp-dir
存储中间临时文件的目录
- --max-depth
合并深度高于该阈值的位点，默认为200
- --num-em-iterations
EM最大迭代次数，默认为20
- --convergence-threshold
当两次EM迭代的阈值小于该值时中止迭代，默认为1.0e-4