3.8.3 计算污染

这一步将估计每个肿瘤样本由于样本间交叉污染而产生的reads的比例，并估计每个肿瘤样本的等位基因拷贝数分段。与其他污染工具不同，该算法在没有正常配对样本甚至存在显著拷贝数变异的情况下也可以工作良好，并且对污染样本的数量不做任何假定。该步骤涉及两个子命令：gtx gps 对应于GATK的子工具 GetPileupSummaries ，gtx calc 对应于GATK的子工具 CalculateContamination 。

计算样本间交叉污染的工具