v3.1.x

版本说明

提醒

v3.1.x版本目前只提供可永久使用的解压功能，能够解压v3.1.x及以前版本的压缩文件，需要压缩功能请使用v4.0.0以上版本。

下载地址

访问GTX.Zip官方网站，点击下载软件即可获取当前所有可用版本的软件下载地址，用户可以根据操作系统选择相应的安装包下载。

安装方法

Ubuntu/DebianRHEL7/Centos7RHEL6/Centos6

下载.tar.gz格式的安装包
使用'tar -zxvf xxx.tar.gz(实际安装包文件名)'命令解压.tar.gz格式的安装包
根据需求选择以下方式中的一种
1. 使用root用户或sudo命令运行解压出来的.run安装程序，安装所有用户共享的GTX.Zip
2. 使用当前用户运行解压出来的.run安装程序，安装仅当前用户可用的GTX.Zip

下载.tar.gz格式的安装包
使用'tar -zxvf xxx.tar.gz(实际安装包文件名)'命令解压.tar.gz格式的安装包
根据需求选择以下方式中的一种
1. 使用root用户或sudo命令运行解压出来的.run安装程序，安装所有用户共享的GTX.Zip
2. 使用当前用户运行解压出来的.run安装程序，安装仅当前用户可用的GTX.Zip

解压缩

解压fastq.gtz文件(默认压缩方式不需要fasta)
gtz -d a.fastq.gtz
解压普通压缩或者默认情况下带fasta高倍压缩的gtz文件，不需要fasta文件。
解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，需要指定fasta
gtz -d a.fastq.gtz --ref hg19.fa(.gz)
如果使用高倍压缩并指定了fasta，且使用了--donot-pack-ref参数，那么解压时需要指定压缩时所使用的fasta。
解压bam.gtz文件
gtz -d a.bam.gtz
gtz -d a.bam.gtz --bam-to-sam
默认情况下bam.gtz解压成bam文件，如果需要解压成sam文件，需要带参数--bam-to-sam。如果该bam.gtz解压需要指定fasta可以通过--ref指定，参考fastq的解压即可。
解压到终端
gtz -d a.fastq.gtz -c 2>/dev/null
-c参数表示解压到终端。2>/dev/null表示将其他打印去除，只打印解压出来的fastq的内容。
解压到指定路径
gtz -d a.fastq.gtz -O /path/out/
-O参数指定解压文件的输出目录，注意是大写字母O。
限定资源解压
gtz -d a.fastq.gtz -p 4
-p参数同样适用于解压，这里-p 4表示解压时只使用4个线程。
解压低版本带bin压缩的gtz文件
gtz -d a.fastq.gtz -r Homo_bcacac9064331276504f27c6cf40e580.rbin
-r参数用于解压2.0.0以下版本的gtz压缩文件。当使用低版本软件压缩fastq时，使用了-b参数指定了对应的bin文件时，那么可以用-r指定对应的rbin文件来解压。

解压

参数	说明
`-d, --decompress`	解压模式(必须)
`-f, --force`	强制覆盖输出文件
`-O <string>, --out-dir <string>`	指定解压文件的保存路径
`--ref <string>`	如果压缩时指定了fasta且使用了参数--donot-pack-ref，那么解压时通过--ref指定对应的fasta
`-z, --fastq-to-fastq-gz`	将fastq解压成fastq.gz，只对fastq有效
`--bam-to-sam`	将bam.gtz解压成sam文件，如果不指定该参数，则默认解压为bam格式文件
`--cache-path <string>`	指定fasta转换成二进制格式使用的缓存路径，默认的缓存路径是~/.config/gtz
`-l <number>, --level <number>`	当解压fastq格式的gtz文件到fastq.gz格式时，可以通过该参数设置gz的压缩level，范围为[0-9]，默认为4
`-r <string>, --rbin-path <string>`	解压2.0.0以下版本的gtz文件时，该参数为指定rbin文件或者rbin所在的路径
`-c, --stdout`	解压到终端
`-p <number>, --parallel <number>`	指定并发线程，默认为cpu的逻辑核数
`--version`	显示版本信息
`-h, --help`	显示帮助信息